Както бе изяснено в предишната статия патологията на щитовидната жлеза е свързана със значителен оксидативен стрес в резултат на разстроената физиология на жлезата и ексцесивно натрупване на отпаден пероксид при синтеза на щитовидните хормони. Лимфоцитно-левкоцитната инфилтрация на жлезистите фоликули в паренхима на жлезата инактивира специфичния тъканен ензим за разрушаване на пероксидаза. Химиотаксисът води до допълнителната деструкция на имунокомпетентните клетки. Резултатът е усилването на оксидативния стрес.
Един от основните етиологични моменти на болестта на Хашимото е често повтарящите се вирусни и бактериални инфекции на горните дихателни пътища с оформяне на хронични фарингити, тонзилофарингити и тонзили, като водещо значение имат заболяванията с вирусна етиология при предразполагащ терен на вирусен имунен дефицит на HLA системата DR3, DW5, B8.
Имунната слабост е основата, на която се развива патологичната каскада. Тъй като при заболяването е възможно спонтанно оздравяване, при своевременно лечение това е възможно и при тежките случаи, където без лечение с стига до тъканна атрофия и дефинитивен хипотиреодизъм.
Налице е правопропорциална зависимост между хроничните инфекции на горните дихателни пътища и честотата с която се среща болестта на Хашимото при тези заболявания. Радиационната нокса вероятно задълбочава патологичната каскада на тъканните нарушение и съдейства за по- голямата честота и бързата еволюция на Хашимото.
Полифенолните комплекси според всички клинични и лабораторни проучвания в научната литература са способно да предотвратят нахлуването на вирусите в клетката. Това е доказано главно за грипните, парагрипните и херпесните вируси, а тези вируси са най-често срещаните вирусни патогени в заболяваните на горните дихателни пътища с простудна генеза.  Бактериалните инфекция освен при стрептококи и хемофилуси често се явяват като следствие от намалената локална резистентност при вирусната анергия.
Ето защо патогенетичното въздействие на полифенолните комплекси наред с успоредното и продължително антибиотично саниране на входните врати при хроничните инфекции се състои в прекъсването на порочния кръг при нахлуването на нови вирусни частици в паренхима на тиреоидеята.
Втора полза е имуномодулацията и засилване на тъканния имунитет, свързан с намаляване на лимфоцитната ифилтрация. Допълнителният мембранно-стабилизиращ ефект на повърхностноактивните полифеноли създава пречки за навлизане на лимфоцитни инфламаторни цитокини и подобрява хематотиреоидната бариера.
Подобряване на тъканната резистентност може да бъде постигната и други имуностимулатори със специфичен териоиден тропизъм като неорганичния и органичния селен в дози като при лечение на ракови заболявания - 300 микрограма на ден. Допълнителен ефект може да допринесе и употребата на интерферон изелени водорасли. Асоциацията с хепатит С показва мултиетиологичната природа на заболяването и преобладаващите имунни дефекти относно вирусната резистентност.